《龙门飞甲》是延续《新龙门客栈》的故事，讲述的是三年后所发生的事情。导演徐克如此解释两部“龙门”作品的渊源。《新龙门客栈》奠定了徐克在华语电影的江湖地位，这部作品更被誉为是香港新派武侠的起点。旧作剧情中，龙门客栈被毁，老板娘张曼玉最终追随梁家辉的身影而去。而这两个剧情也成为新作《龙门飞甲》的伏笔。
　　三年前曾毁於大火的龙门客栈里，当年的风骚老板娘金镶玉早已神秘失踪，如今的龙门客栈虽然旧貌换新颜，换了新主人和伙计，但依旧是一家杀人不眨眼的黑店。
　　明宪宗年间，宦官弄权，滥杀贤臣。侠客赵怀安(李连杰饰)在营救忠良行动中，终将恶贯满盈的东厂提督曹少钦一剑毙命，引来西厂督主雨化田(陈坤饰)祭出天下格杀令。赵怀安等人一路亡命到嘉峪关的龙门，消失於铺天盖地的黑沙暴中。尘销风散后，西厂密探、鞑靼商队等江湖各路人马，再度投宿於龙门客栈这家大漠黑店。
　　明朝西厂督主雨化田(陈坤 饰)为了追捕怀了龙胎的妃嫔素慧容(范晓萱 饰)下落逃出宫外，素慧容逃亡中得侠女凌雁秋(周迅 饰)救走，两人路过的正是龙门客栈，相传“龙门”是三百年前西夏王国神秘失踪之地点，每六十年必有一场巨大的沙尘暴，之后皇宫大门会破沙而出，那里会找到失落的宝藏。
　　客栈之内可说卧虎藏龙，有鞑靼女子布鲁嘟(桂纶镁 饰)领头之鞑靼队伍，有少侠打扮的顾少棠(李宇春 饰)及专门买卖江湖消息的胡中玉，而胡中玉竟长得与雨化田一个模样!多年未露面的赵怀安(李连杰 饰)亦同时神秘现身!
　　各路英雄狭路相逢相聚龙门客栈，而此时，十几条龙卷风亦同时向龙门客栈旋转而来!
　　而这个几乎被世人遗忘的边关客栈，再次因缘际会地风起云涌：神秘剑客胡中玉的容貌，为何与雨化田如此相似?对客栈密道了若指掌的吹笛女子凌雁秋(周迅饰)，难道就是金镶玉本人?就在由雨化田亲率的西厂追兵赶来之际，地平线突刮起数条龙卷奇风，赵怀安横空飞出，欲与雨化田一决生死。大漠风烟间，一场天地变色的正邪之战，即将展开。